Custom Field GUI Utilityのcheckbox項目はデフォルトでチェックされている。
これはconfig.iniのcheckbox項目に
[checkbox]
fieldname = チェックボックス(共通表示)
type = checkbox
class = post page
default = checked
sample = input the caption
とあるが、このdefault = checkedを削除すればデフォルトでチェックが入っていない状態になる。
念のため。